itunes los sincronizara solo si marcas la casilla correspondiente, sino, no lo hara
si no quieres que se mezclen, sincroniza uno con outlok y otro con gmail por ejemplo
o tambien tienes la opcion en el pc/mac de usar un usuario distinto,para cada dispositivo y con la misma cuenta de itunes, esto es lo mas ventajoso para que no se mezclen ni los contactos ni la agenda con los de tu mujer y disponer los dos de las mismas app, pagandolas solo una vez
tienes varias opciones usa la que mas te convenga
salu2